O município de Porto União está localizado no Norte Catarinense, a uma altitude média de 752 metros, sendo o ponto culminante do município o pico do Cerro Pelado, com 1300 metros. O relevo é constituído de planícies, montanhas, vales, grandes várzeas nas bacias dos Rios Iguaçu e Jangada, na divisa com o estado do Paraná, e do Rio Timbó. O município é banhado pela bacia do Iguaçú, e seus afluentes: Rio Timbó, Rio Pintado, Rio dos Pardos, Rio Bonito, Rio Tamanduá, Rio Barra Grande, Rio Pintadinho e Jangada. O Clima é predominantemente mesotérmico úmido com temperatura média anual de 16,7°C, com verões frescos com média de 21°C e invernos rigorosos com média de 12,6°C. No inverno ocorre com frequência geadas. A precipitação média anual é de 1530 mm.